Er wurde in Metz in Lothringen geboren und begann sehr früh mit dem Oboenstudium am regionalen Nationalkonservatorium von Metz bei Serge Haerrig und André Sablon. Danach setzte er seine «Weiterreise» rasch in der Hauptstadt fort und erhielt bereits 1996 den ersten Preis in der Klasse von Jean-Claude Jaboulay am Pariser Konservatorium. Anschliessend wurde Fabien Thouand am renommierten Conservatoire de la Musique in Paris aufgenommen, wo er bei Jean-Louis Capezzali, Jacques Tysys und anderen studierte und im Jahr 2000 einstimmig einen ersten Preis erhielt. Ab 2001 gelang ihm die erfolgreiche Aufnahme in den Perfektionierungszyklus der Klasse von Maurice Bourgue, ebenfalls am CNSM in Paris. Es war ein entscheidendes Jahr, in dem er mehrere internationale
Auszeichnungen gewann und sich bei den Wettbewerben von Petritoli, Toulon und dem Prager Frühling durchsetzte.

Damit begann eine einschlägige und ununterbrochene internationale Karriere und Fabien Thouand wurde als Solo-Oboist von den grössten europäischen Orchestern eingeladen, wie dem London Symphony Orchestra, der Bayerischen Staatsoper, dem Symphonieorchester des Bayerischen Rundfunks, dem Royal Concertgebouw Orchestra, dem Nationalorchester von Frankreich und der Philharmonique de Radio France. In dieser Funktion und auf diesem Gebiet arbeitete und arbeitet er mit den grössten Dirigenten zusammen, wie Daniel Barenboim, Riccardo Muti, Lorin Maazel, Zubin Metha, Yuri Termikanov, Kurt Mazur, Charles Dutoit, Claudio Abbado und Riccardo Chailly. Im Jahr 2004 wurde er Solo-Oboist des Orchesters des Teatro alla Scala in Mailand und der Filarmonica della Scala, bis er vor kurzem, im Jahr 2022, Solo-Oboist des Orchesters der Nationalakademie von Santa Cecilia wurde.

Neben seiner intensiven Konzerttätigkeit zeigt er ein starkes Interesse am Unterrichten und erteilt zahlreiche Meisterkurse in der ganzen Welt, wie in Japan, Kolumbien und Europa. So wurde er von Jean-Louis Capezzali und Jérôme Guichard als Assistent der Oboenklasse am Conservatoire Nationale Supérieure de Musique in Lyon eingeladen, bevor er Dozent am Conservatorio della Svizzera Italiana in Lugano wurde, wo er auch aktiv mit dem Royal College of Music in London zusammenarbeitete. Heute ist Fabien Thouand Mitglied der Haute École de Musique – Vaud in Lausanne.